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                基於光學圖譜◇的scaffolding算法研究

                發布者:文明辦作者:發布時間:2020-11-18瀏覽次數:25


                主講人:潘瑋華  中國農科院(深圳)農業基因組研究所研究員


                時間:2020年11月21日9:30


                地點:騰訊會議 226 264 680


                舉辦單位:數理學院


                主講人介紹:潘瑋華,中國農科院(深圳)農業基因組研究所研究員。2019年畢業於美國加州大學(河濱分校),獲得計算機科學博士學位和統計學碩士學位。2019-2020年在美國卡內基梅隆大學計算機學院計算生物學系擔任Lane  Fellow博士後研究員。主要從事基因組學,尤其是基因組序列分析相關的生物信息算法研究。近年來以第一作者在生物信◥息學頂級會議RECOMB、ISMB和知名期刊Bioinformatics、Journal of Computational Biology等發表研▓究論文6篇。長期擔》任生物信息頂級會議和知名期刊審稿人。


                內容介紹:基因組scaffolding是de novo基因組組裝的重要步驟。針對BioNano光學圖譜數據,我們開發了三種用於基因組scaffolding以及其預處理步驟chimeric  contig糾正、組裝結果reconciliation的算法工具OMGS、Chimericognizer和Novo&Stitch。其中,Novo&Stitch是第一種基於光學圖譜的組裝結果reconciliation算法。OMGS是第一種可以綜合利◤用多條光學圖譜信息準確進行scaffolding的算法。而Chimericognizer相比於已有的chimeric contig檢測方法顯著降低了假陽性。